removed mods directory from the ATutor codebase
[atutor.git] / mods / phpdoc2 / PhpDocumentor / phpDocumentor / Io.inc
diff --git a/mods/phpdoc2/PhpDocumentor/phpDocumentor/Io.inc b/mods/phpdoc2/PhpDocumentor/phpDocumentor/Io.inc
deleted file mode 100644 (file)
index 5384c77..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,992 +0,0 @@
-<?php\r
-/**\r
- * File and input handling routines\r
- * \r
- * This class parses command-line options, and works with files to\r
- * generate lists of files to parse based on the ignore/include options\r
- * \r
- * phpDocumentor :: automatic documentation generator\r
- * \r
- * PHP versions 4 and 5\r
- *\r
- * Copyright (c) 2000-2006 Joshua Eichorn, Gregory Beaver\r
- * \r
- * LICENSE:\r
- * \r
- * This library is free software; you can redistribute it\r
- * and/or modify it under the terms of the GNU Lesser General\r
- * Public License as published by the Free Software Foundation;\r
- * either version 2.1 of the License, or (at your option) any\r
- * later version.\r
- * \r
- * This library is distributed in the hope that it will be useful,\r
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU\r
- * Lesser General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public\r
- * License along with this library; if not, write to the Free Software\r
- * Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA\r
- *\r
- * @package    phpDocumentor\r
- * @author     Joshua Eichorn <jeichorn@phpdoc.org>\r
- * @author     Gregory Beaver <cellog@php.net>\r
- * @copyright  2000-2006 Joshua Eichorn, Gregory Beaver\r
- * @license    http://www.opensource.org/licenses/lgpl-license.php LGPL\r
- * @version    CVS: $Id: Io.inc,v 1.18 2007/12/08 01:31:50 ashnazg Exp $\r
- * @filesource\r
- * @link       http://www.phpdoc.org\r
- * @link       http://pear.php.net/PhpDocumentor\r
- * @since      0.1\r
- */\r
-/**\r
- * Class to handle file and user io opperations\r
- *\r
- * @author    Joshua Eichorn <jeichorn@phpdoc.org>\r
- * @author     Gregory Beaver <cellog@php.net>\r
- * @version    $Id: Io.inc,v 1.18 2007/12/08 01:31:50 ashnazg Exp $\r
- * @package     phpDocumentor\r
- */\r
-class Io \r
-{\r
-    \r
-    /**\r
-     * Holds all the options that are avaible to the cmd line interface\r
-     * and to the different web interfaces\r
-     */\r
-    var $phpDocOptions;\r
-    /**\r
-     * Format: array(array(regexp-ready string to search for whole path,\r
-     * regexp-ready string to search for basename of ignore strings),...)\r
-     * @var false|array\r
-     */\r
-    var $ignore;\r
-    /**\r
-     * A specific array of values that boolean-based arguments can understand,\r
-     * aided by the {@link decideOnOrOff()} helper method.\r
-     * \r
-     * Use lowercase letters always, to simplify string comparisons\r
-     * @var array \r
-     */\r
-    var $valid_booleans = array\r
-    (\r
-        '', ' ', 'on', 'y', 'yes', 'true', '1', \r
-        'off', 'n', 'no', 'false', '0'\r
-\r
-    );\r
-    \r
-    /**\r
-     * creates an array $this->phpDocOptions and sets program options in it.\r
-     * Array is in the format of:\r
-     * <pre>\r
-     * [filename][tag][] = "f";\r
-     * [filename][tag][] = "-file";\r
-     * [filename][desc] "name of file to parse"\r
-     * </pre>\r
-     */\r
-    function Io()\r
-    {\r
-        $this->phpDocOptions['filename']['tag'] = array( "-f", "--filename");\r
-        $this->phpDocOptions['filename']['desc'] = "name of file(s) to parse ',' file1,file2.  Can contain complete path and * ? wildcards";\r
-        $this->phpDocOptions['filename']['type'] = "path";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['directory']['tag'] = array( "-d", "--directory");\r
-        $this->phpDocOptions['directory']['desc'] = "name of a directory(s) to parse directory1,directory2";\r
-        $this->phpDocOptions['directory']['type'] = "path";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['examplesdir']['tag'] = array( "-ed", "--examplesdir");\r
-        $this->phpDocOptions['examplesdir']['desc'] = "full path of the directory to look for example files from @example tags";\r
-        $this->phpDocOptions['examplesdir']['type'] = "path";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['templatebase']['tag'] = array( "-tb", "--templatebase");\r
-        $this->phpDocOptions['templatebase']['desc'] = "base location of all templates for this parse.";\r
-        $this->phpDocOptions['templatebase']['type'] = "path";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['target']['tag'] = array("-t", "--target");\r
-        $this->phpDocOptions['target']['desc'] = "path where to save the generated files";\r
-        $this->phpDocOptions['target']['type'] = "path";\r
-        \r
-        $this->phpDocOptions['ignore']['tag'] = array("-i", "--ignore");\r
-        $this->phpDocOptions['ignore']['desc'] = "file(s) that will be ignored, multiple separated by ','.  Wildcards * and ? are ok";\r
-        $this->phpDocOptions['ignore']['type'] = "path";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['ignoresymlinks']['tag'] = array("-is", "--ignoresymlinks");\r
-        $this->phpDocOptions['ignoresymlinks']['desc'] = "ignore symlinks to other files or directories, default is off";\r
-        $this->phpDocOptions['ignoresymlinks']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['ignoresymlinks']['validvalues'] = $this->valid_booleans;\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['ignoretags']['tag'] = array("-it", "--ignore-tags");\r
-        $this->phpDocOptions['ignoretags']['desc'] = "tags to ignore for this parse.  @package, @subpackage, @access and @ignore may not be ignored.";\r
-        $this->phpDocOptions['ignoretags']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['hidden']['tag'] = array("-dh", "--hidden");\r
-        $this->phpDocOptions['hidden']['desc'] = "set equal to on (-dh on) to descend into hidden directories (directories starting with '.'), default is off";\r
-        $this->phpDocOptions['hidden']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['hidden']['validvalues'] = $this->valid_booleans;\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['quiet']['tag'] = array("-q", "--quiet");\r
-        $this->phpDocOptions['quiet']['desc'] = "do not display parsing/conversion messages.  Useful for cron jobs on/off default off";\r
-        $this->phpDocOptions['quiet']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['quiet']['validvalues'] = $this->valid_booleans;\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['undocumentedelements']['tag'] = array("-ue", "--undocumentedelements");\r
-        $this->phpDocOptions['undocumentedelements']['desc'] = "Control whether or not warnings will be shown for undocumented elements. Useful for identifying classes and methods that haven't yet been documented on/off default off";\r
-        $this->phpDocOptions['undocumentedelements']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['undocumentedelements']['validvalues'] = $this->valid_booleans;\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['title']['tag'] = array("-ti","--title");\r
-        $this->phpDocOptions['title']['desc'] = "title of generated documentation, default is 'Generated Documentation'";\r
-        $this->phpDocOptions['title']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['help']['tag'] = array("-h", "--help");\r
-        $this->phpDocOptions['help']['desc'] = "    show this help message";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['useconfig']['tag'] = array("-c","--useconfig");\r
-        $this->phpDocOptions['useconfig']['desc'] = "Use a Config file in the users/ subdirectory for all command-line options";\r
-        $this->phpDocOptions['useconfig']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['parseprivate']['tag'] = array("-pp","--parseprivate");\r
-        $this->phpDocOptions['parseprivate']['desc'] = "parse @internal and elements marked private with @access.  Use on/off, default off";\r
-        $this->phpDocOptions['parseprivate']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['parseprivate']['validvalues'] = array('on', 'off');\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['packageoutput']['tag'] = array("-po","--packageoutput");\r
-        $this->phpDocOptions['packageoutput']['desc'] = "output documentation only for selected packages.  Use a comma-delimited list";\r
-        $this->phpDocOptions['packageoutput']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['defaultpackagename']['tag'] = array("-dn","--defaultpackagename");\r
-        $this->phpDocOptions['defaultpackagename']['desc'] = "name to use for the default package.  If not specified, uses 'default'";\r
-        $this->phpDocOptions['defaultpackagename']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['defaultcategoryname']['tag'] = array("-dc","--defaultcategoryname");\r
-        $this->phpDocOptions['defaultcategoryname']['desc'] = "name to use for the default category.  If not specified, uses 'default'";\r
-        $this->phpDocOptions['defaultcategoryname']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['output']['tag'] = array("-o","--output");\r
-        $this->phpDocOptions['output']['desc'] = "output information to use separated by ','.  Format: output:converter:templatedir like \"HTML:frames:phpedit\"";\r
-        $this->phpDocOptions['output']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['converterparams']['tag'] = array("-cp","--converterparams");\r
-        $this->phpDocOptions['converterparams']['desc'] = "dynamic parameters for a converter, separate values with commas";\r
-        $this->phpDocOptions['converterparams']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['customtags']['tag'] = array("-ct","--customtags");\r
-        $this->phpDocOptions['customtags']['desc'] = "custom tags, will be recognized and put in tags[] instead of unknowntags[]";\r
-        $this->phpDocOptions['customtags']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['sourcecode']['tag'] = array("-s","--sourcecode");\r
-        $this->phpDocOptions['sourcecode']['desc'] = "generate highlighted sourcecode for every parsed file (PHP 4.3.0+ only) on/off default off";\r
-        $this->phpDocOptions['sourcecode']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['sourcecode']['validvalues'] = array('on', 'off');\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['javadocdesc']['tag'] = array("-j","--javadocdesc");\r
-        $this->phpDocOptions['javadocdesc']['desc'] = "JavaDoc-compliant description parsing.  Use on/off, default off (more flexibility)";\r
-        $this->phpDocOptions['javadocdesc']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['javadocdesc']['validvalues'] = array('on', 'off');\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['pear']['tag'] = array("-p","--pear");\r
-        $this->phpDocOptions['pear']['desc'] = "Parse a PEAR-style repository (package is directory, _members are @access private) on/off default off";\r
-        $this->phpDocOptions['pear']['type'] = "set";\r
-        $this->phpDocOptions['pear']['validvalues'] = array('on', 'off');\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['readmeinstallchangelog']['tag'] = array("-ric","--readmeinstallchangelog");\r
-        $this->phpDocOptions['readmeinstallchangelog']['desc'] = "Specify custom filenames to parse like README, INSTALL or CHANGELOG files";\r
-        $this->phpDocOptions['readmeinstallchangelog']['type'] = "value";\r
-\r
-        $this->phpDocOptions['general']['message'] ="You can have multiple directories and multiple files, as well as a combination of both options";\r
-    }\r
-\r
-    \r
-    /**\r
-     * create the help message for display on the command-line\r
-     * @return string a string containing a help message\r
-     */\r
-    function displayHelpMsg()\r
-    {\r
-        unset($ret);\r
-        $ret = "\n";\r
-        foreach($this->phpDocOptions as $data)\r
-        {\r
-            unset($tag);\r
-            $tag = "";\r
-            if (isset($data['tag']))\r
-            {\r
-                if (is_array($data['tag'])) {\r
-                    foreach($data['tag'] as $param) {\r
-                        $tag .= "$param    ";\r
-                    }\r
-                }\r
-               $taglen = 34;\r
-               $outputwidth = 79;\r
-               $tagspace = str_repeat(" ",$taglen);\r
-                $tmp = "  ".trim($tag).$tagspace;\r
-                $tmp = substr($tmp,0,$taglen);\r
-                $d = wordwrap(ltrim($data['desc']),($outputwidth-$taglen));\r
-               $dt = explode("\n",$d);\r
-               $dt[0] = $tmp .$dt[0];\r
-               for($i=1;$i<count($dt);$i++)\r
-               {\r
-                       $dt[$i] = $tagspace.$dt[$i];\r
-               }\r
-               $ret .= implode("\n",$dt)."\n\n";\r
-               \r
-            }\r
-        }\r
-        $ret .= "\n".wordwrap($data['message'],$outputwidth)."\n";\r
-        return $ret; \r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * calls {@link file_exists()} for each value in include_path,\r
-     * then calls {@link is_readable()} when it finds the file\r
-     * @param string\r
-     * @return boolean\r
-     */\r
-    function isIncludeable($filename)\r
-    {\r
-        $test = realpath($filename);\r
-        if ($test && is_readable($test)) {\r
-            return true; // for absolute paths\r
-        }\r
-        $ip = get_include_path();\r
-        if (PHPDOCUMENTOR_WINDOWS)\r
-        {\r
-            $ip = explode(';', $ip);\r
-        } else {\r
-            $ip = explode(':', $ip);\r
-        }\r
-        foreach($ip as $path)\r
-        {\r
-            if ($a = realpath($path . DIRECTORY_SEPARATOR . $filename))\r
-            {\r
-                if (is_readable($a))\r
-                {\r
-                    return true;\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        return false;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Parses $_SERVER['argv'] and creates a setup array\r
-     * @return array a setup array\r
-     * @global array command-line arguments\r
-     * @todo replace with Console_* ?\r
-     */\r
-    function parseArgv()\r
-    {\r
-        global $argv;\r
-\r
-        // defaults for setting\r
-        $setting['hidden'] = "off";\r
-        $setting['ignoresymlinks'] = 'off';\r
-        $setting['template'] = 'templates' . PATH_DELIMITER .'default' . PATH_DELIMITER;\r
-\r
-        $valnext = "junk";\r
-        $data = array();\r
-        if(isset($argv) && is_array($argv))\r
-        {\r
-            foreach ($argv as $cmd)\r
-            {\r
-                if ($cmd == '--') {\r
-                    continue;\r
-                }\r
-                if ($cmd == '-h' || $cmd == '--help')\r
-                {\r
-                    echo $this->displayHelpMsg();\r
-                    die();\r
-                }\r
-\r
-                // at first, set the arg value as if we\r
-                // already know it's formatted normally, e.g.\r
-                //    -q on\r
-                $setting[$valnext] = $cmd;\r
-\r
-                if (isset($data['type']) && $data['type'] == 'set') {\r
-\r
-                    if ($valnext !== 'junk' && strpos(trim($cmd),'-') === 0) {\r
-                        // if valnext isn't 'junk' (i.e it was an arg option) \r
-                        // then the first arg needs an implicit "" as its value, e.g.\r
-                        //     ... -q -pp ...  ===>  ... -q '' -pp ... \r
-                        $setting[$valnext] = '';\r
-\r
-                    } else if (!in_array(strtolower($cmd), $data['validvalues'], true)) {\r
-                        // the arg value is not a valid value\r
-                        addErrorDie(PDERROR_INVALID_VALUES, $valnext, $cmd,\r
-                            '(' . implode(', ', $data['validvalues']) . ')');\r
-                    }\r
-                }\r
-\r
-                foreach( $this->phpDocOptions as $name => $data )\r
-                {\r
-                    if (!empty($data['tag']))\r
-                    {\r
-                        if (in_array($cmd,$data['tag']))\r
-                        {\r
-                            $valnext = $name;\r
-                            break;\r
-                        } \r
-                        else\r
-                        {\r
-                            $valnext = "junk";\r
-                        }\r
-                    }\r
-                }\r
-\r
-                if ($valnext == 'junk' && (strpos(trim($cmd),'-') === 0)) {\r
-                    // this indicates the last arg of the command \r
-                    // is an arg option (-) that was preceded by unrecognized "junk"\r
-                    addErrorDie(PDERROR_UNKNOWN_COMMANDLINE,$cmd);\r
-\r
-                } else if ($valnext != 'junk' && (strpos(trim($cmd),'-') === 0)) {\r
-                    // this indicates the last arg of the command \r
-                    // is an arg option (-) without an arg value\r
-                    \r
-                    // add an empty arg "value" for this arg "option"\r
-                    $setting[$valnext] = '';\r
-                }\r
-\r
-\r
-            }\r
-        } else\r
-        {\r
-            echo "Please use php-cli.exe in windows, or set register_argc_argv On";\r
-            die;\r
-        }\r
-        /* $setting will always have at least 3 elements\r
-        [hidden] => off\r
-        [ignoresymlinks] => 'off'\r
-        [template] => templates/default\r
-         */\r
-        if (count($setting) < 4) {\r
-            echo $this->displayhelpMsg();\r
-            die();\r
-        }\r
-\r
-        return $setting;\r
-    }\r
-\r
-\r
-    /**\r
-     * @return array list of files in a directory\r
-     * @param string $directory full path to the directory you want the list of\r
-     * @param bool whether to list files that begin with . like .bash_history\r
-     * @param bool whether to ignore symlinks\r
-     */\r
-    function dirList($orig_directory, $hidden = false, $ignore_symlinks = false)\r
-    {\r
-        $directory = realpath($orig_directory);\r
-        $ret = false;\r
-        if (! @is_dir($directory))\r
-        {\r
-            die("directory: '$directory'  not found\n");\r
-        }\r
-        $ret = array();\r
-        $d = @dir($directory); // thanks to Jason E Sweat (jsweat@users.sourceforge.net) for fix\r
-        while($d && ($entry=$d->read()) !== false) {\r
-            if (strcmp($entry,".") == 0 || strcmp($entry,"..") == 0) {\r
-                continue;\r
-            }\r
-\r
-            // skip hidden files, if we're supposed to\r
-            if (!$hidden)\r
-            {\r
-                if (substr($entry,0,1) == ".")\r
-                {\r
-                    phpDocumentor_out("Hidden " . $directory . PATH_DELIMITER . $entry . " Ignored\n");\r
-                    continue;\r
-                }\r
-            }\r
-\r
-            // skip symlink files, if we're supposed to\r
-            if ($ignore_symlinks)\r
-            {\r
-                if (is_link($directory . PATH_DELIMITER . $entry))\r
-                {\r
-                    phpDocumentor_out("Symlink " . $directory . PATH_DELIMITER . $entry . " Ignored\n");\r
-                    continue;\r
-                }\r
-            }\r
-            \r
-            if (is_file($directory . PATH_DELIMITER . $entry)) {\r
-                $ret[] = $directory . PATH_DELIMITER . $entry;\r
-            }\r
-            if (is_dir($directory . PATH_DELIMITER . $entry)) {\r
-                $tmp = $this->dirList($directory . PATH_DELIMITER . $entry, $hidden, $ignore_symlinks);\r
-                if (is_array($tmp)) {\r
-                    foreach($tmp as $ent) {\r
-                        $ret[] = $ent;\r
-                    }\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        if ($d) $d->close();\r
-        return $ret;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Retrieve common directory (case-insensitive in windows)\r
-     *\r
-     * takes the list of files, and returns the subdirectory they share in common,\r
-     * so in this list:\r
-     *\r
-     * <code>\r
-     * array(\r
-     * "/dir1/dir2/subdir/dir3/filename.ext",\r
-     * "/dir1/dir2/subdir/dir4/filename.ext",\r
-     * "/dir1/dir2/mydir/dir5/filename.ext");\r
-     * </code>\r
-     *\r
-     * getBase will return "/dir1/dir2"\r
-     * @param array array of strings\r
-     */\r
-    function getBase($filelist)\r
-    {\r
-        $masterPath = false;\r
-        foreach($filelist as $path)\r
-        {\r
-            if (!$masterPath)\r
-            {\r
-                $masterPath = str_replace('\\','/',dirname($path));\r
-            } else\r
-            {\r
-                if (dirname($path) != $masterPath)\r
-                {\r
-                    $mp = split(PATH_DELIMITER,$masterPath);\r
-                    $np = split(PATH_DELIMITER,str_replace('\\','/',dirname($path)));\r
-                    if (count($np) < count($mp))\r
-                    {\r
-                        $masterPath = join($np, PATH_DELIMITER);\r
-                    } else\r
-                    {\r
-                        $test = false;\r
-                        $found = false;\r
-                        for($i=0;$i < count($mp) && $i < count($np);$i++)\r
-                        {\r
-                            if (PHPDOCUMENTOR_WINDOWS)\r
-                            {\r
-                                if (strtolower($mp[$i]) != strtolower($np[$i])) $found = $i;\r
-                            } else\r
-                            {\r
-                                if ($mp[$i] != $np[$i]) $found = $i;\r
-                            }\r
-                        }\r
-                        if ($found !== false)\r
-                        {\r
-                            $mp = array_slice($mp,0,$found);\r
-                            $masterPath = join($mp,PATH_DELIMITER);\r
-                        }\r
-                    }\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        return $masterPath;\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * Retrieve tutorial subdirectories and their contents from the list of\r
-     * files to parse\r
-     * @param array array of paths (strings)\r
-     * @return array array(filelist - tutorials, tutorials)\r
-     */\r
-    function getTutorials($filelist)\r
-    {\r
-        $list = $tutorials = array();\r
-        foreach($filelist as $file)\r
-        {\r
-            if (strpos($file,'tutorials/') !== false)\r
-            {\r
-                $tutedir = explode('/',substr($file,strpos($file,'tutorials/')));\r
-                array_shift($tutedir);\r
-                if (count($tutedir) <= 3)\r
-                {\r
-                    $res = array();\r
-                    // kludge - will need to fix for 2.0\r
-                    $res['category'] = $GLOBALS['phpDocumentor_DefaultCategoryName'];\r
-                    $res['package'] = array_shift($tutedir);\r
-                    $res['subpackage'] = '';\r
-                    if (count($tutedir) > 1)\r
-                    $res['subpackage'] = array_shift($tutedir);\r
-                    $f = array_shift($tutedir);\r
-                    $res['tutename'] = $f;\r
-                    $f = explode('.',$f);\r
-                    $res['tutetype'] = array_pop($f);\r
-                    if ($res['tutetype'] == 'ini') continue;\r
-                    $res['path'] = $file;\r
-                    if (@file_exists($file . '.ini'))\r
-                    {\r
-                        $res['ini'] = phpDocumentor_parse_ini_file($file . '.ini', true);\r
-                    } else\r
-                    {\r
-                        $res['ini'] = false;\r
-                    }\r
-                    $tutorials[] = $res;\r
-                }\r
-            } else $list[] = $file;\r
-        }\r
-        return array($list,$tutorials);\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * @param string base directory from {@link getBase()}\r
-     * @param array file list from {@link dirList()}\r
-     * @return array array(filelist - README/INSTALL/CHANGELOG,\r
-     *                     README/INSTALL/CHANGELOG)\r
-     */\r
-    function getReadmeInstallChangelog($base,$filelist)\r
-    {\r
-        $list = $ric = array();\r
-        $names = $GLOBALS['_phpDocumentor_RIC_files'];\r
-        foreach($filelist as $file)\r
-        {\r
-            if ((dirname($file) == $base) && in_array(strtoupper(basename($file)), $names))\r
-            { // be sure to change $this->checkIgnore() if any other files are added here!!\r
-                $ric[] = $file;\r
-            } else\r
-            {\r
-                $list[] = $file;\r
-            }\r
-        }\r
-        return array($list,$ric);\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * @param string directory\r
-     * @param string base directory\r
-     * @param array array of ignored items\r
-     * @param boolean the "hidden" flag\r
-     * @param boolean the "ignoresymlinks" flag\r
-     * @uses dirList\r
-     * @uses checkIgnore\r
-     * @uses setup_dirs\r
-     */    \r
-    function getDirTree($dir, $base_dir, $ignore = array(), $hidden = false, $ignoresymlinks = false)\r
-    {\r
-        $allfiles = $this->dirList($dir,$hidden,$ignoresymlinks);\r
-        $struc = array();\r
-        foreach($allfiles as $file)\r
-        {\r
-            if ($this->checkIgnore(basename($file),dirname(realpath($file)),$ignore,$ignoresymlinks)) continue;\r
-            if (PHPDOCUMENTOR_WINDOWS) {\r
-                $path = substr(dirname($file),strlen(str_replace('\\','/',realpath($base_dir))));\r
-            } else {\r
-                $path = substr(dirname($file),strlen(str_replace('\\','/',realpath($base_dir)))+1);\r
-            }\r
-            if (!$path) $path = '/';\r
-            $parts = pathinfo($file);\r
-            if (!isset($parts['extension']))\r
-            {\r
-                $parts['extension'] = '';\r
-            }\r
-            $struc[$path][] = array(\r
-                'file' => $parts['basename'],\r
-                'ext' => $parts['extension'],\r
-                'path' => $file);\r
-        }\r
-        uksort($struc,'strnatcasecmp');\r
-        foreach($struc as $key => $ind)\r
-        {\r
-            usort($ind,'Ioinc_sortfiles');\r
-            $struc[$key] = $ind;\r
-            $save = $key;\r
-            if ($key != '/')\r
-            {\r
-                $key = explode('/',$key);\r
-                while (count($key))\r
-                {\r
-                    array_pop($key);\r
-                    if (isset($struc[join('/',$key)]))\r
-                    {\r
-                        $struc[join('/',$key)][substr($save,strlen(join('/',$key)) + 1)] = $ind;\r
-                        unset($struc[$save]);\r
-                    }\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        foreach($struc as $key => $ind)\r
-        {\r
-            if ($key != '/')\r
-            {\r
-                if (count(explode('/',$key)) == 1)\r
-                {\r
-                    $struc['/'][$key] = $struc[$key];\r
-                    unset($struc[$key]);\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        $tempstruc = $struc;\r
-        unset($tempstruc['/']);\r
-        $leftover_dirs = array_keys($tempstruc);\r
-        $splitdirs = array();\r
-        foreach($leftover_dirs as $dir)\r
-        {\r
-            $splitdirs[] = explode('/',$dir);\r
-        }\r
-        $leftover_dirs = array();\r
-\r
-        foreach($splitdirs as $dir)\r
-        {\r
-            $save = join($dir,'/');\r
-            $struc['/'] = setup_dirs($struc['/'], $dir, $tempstruc[$save]);\r
-            unset($struc[$save]);\r
-        }\r
-        @uksort($struc['/'],'Ioinc_mystrucsort');\r
-        return $struc;\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * Reads a file and returns it as a string\r
-     * Does basic error checking\r
-     *\r
-     * file extensions are set in {@link phpdoc.inc}\r
-     *\r
-     * @global array PHP File extensions, used to validate that $path is a PHP File\r
-     * @global array PHP File extensions in a CVS repository, used to validate that $path is a PHP File\r
-     * @param    string    $path\r
-     */\r
-    function readPhpFile($path, $quietMode = false)\r
-    {\r
-        global $_phpDocumentor_cvsphpfile_exts, $_phpDocumentor_phpfile_exts;\r
-        // tiberiusblue addition\r
-        $cvsExt = $_phpDocumentor_cvsphpfile_exts; \r
-        $ext = $_phpDocumentor_phpfile_exts;\r
-        if (file_exists($path))\r
-        {\r
-            if (is_file($path))\r
-            {\r
-                // check extension\r
-                $tmp = explode(".",$path);\r
-                // tiberiusblue addition\r
-                $tmp2 = $tmp;\r
-                if (in_array(array_pop($tmp),$ext))\r
-                {\r
-                    phpDocumentor_out(" -- Parsing file\n");\r
-                    flush();\r
-                    if (function_exists('file_get_contents')) {\r
-                        return file_get_contents($path);\r
-                    }\r
-                    $fp = fopen($path,"r");\r
-                    $ret = fread($fp,filesize($path));\r
-                    fclose($fp);\r
-                    return $ret;\r
-                } elseif (in_array(array_pop($tmp2),$cvsExt)) \r
-                { \r
-                    phpDocumentor_out(" CVS file [EXPERIMENTAL]\n"); \r
-                    flush();\r
-                    if (function_exists('file_get_contents')) {\r
-                        $ret = file_get_contents($path);\r
-                    } else {\r
-                        $fp = fopen($path,"r"); \r
-                        $ret = fread($fp,filesize($path)); \r
-                        fclose($fp); \r
-                    }\r
-                    $ret = strstr($ret,"<?");\r
-                    $ret = substr($ret,0,strpos($ret,"@\n"));\r
-                    $ret = str_replace("@@","@",$ret); \r
-                    return $ret; \r
-                } else\r
-                {\r
-                    phpDocumentor_out(" -- File not parsed, not a php file\n");\r
-                    flush();\r
-                }\r
-            } else {\r
-                phpDocumentor_out(" -- Unable to read file, not a file\n");\r
-                flush();\r
-            }\r
-        } else {\r
-            phpDocumentor_out(" -- Unable to read file, file does not exist\n");\r
-            flush();\r
-           }\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Tell whether to ignore a file or a directory\r
-     * allows * and ? wildcards\r
-     *\r
-     * @author Greg Beaver <cellog@php.net>\r
-     * @param    string  $file    just the file name of the file or directory,\r
-     *                          in the case of directories this is the last dir\r
-     * @param    string  $path    the path to consider (should be checked by\r
-     *                            realpath() before, and may be relative)\r
-     * @param    array   $ignore\r
-     * @param    bool\r
-     * @param    bool    Ignore symlinks?\r
-     * @return   bool    true if $path should be ignored, false if it should not\r
-     */\r
-    function checkIgnore($file,$path,$ignore,$ignore_no_ext = true,$ignoresymlinks = false)\r
-    {\r
-        global $_phpDocumentor_RIC_files;\r
-\r
-        if ($ignoresymlinks && is_link($path . PATH_DELIMITER . $file)) return false;\r
-        \r
-        if (!count($ignore)) return false;\r
-\r
-        if (!isset($this->ignore))\r
-        {\r
-            $this->_setupIgnore($ignore);\r
-        }\r
-        if (!$this->ignore)\r
-        {\r
-            return false;\r
-        }\r
-\r
-        if ($ignore_no_ext && \r
-            !in_array(strtoupper($file), $_phpDocumentor_RIC_files))\r
-        {\r
-            if (!is_numeric(strpos($file,'.'))) return true;\r
-        }\r
-        if (is_array($this->ignore))\r
-        {\r
-            foreach($this->ignore as $match)\r
-            {\r
-                // match is an array if the ignore parameter was a /path/to/pattern\r
-                if (is_array($match))\r
-                {\r
-                    // check to see if the path matches with a path delimiter appended\r
-                    preg_match('/^' . strtoupper($match[0]).'$/', strtoupper($path) . PATH_DELIMITER,$find);\r
-                    if (!count($find))\r
-                    {\r
-                        // check to see if it matches without an appended path delimiter\r
-                        preg_match('/^' . strtoupper($match[0]).'$/', strtoupper($path), $find);\r
-                    }\r
-                    if (count($find))\r
-                    {\r
-                        // check to see if the file matches the file portion of the regex string\r
-                        preg_match('/^' . strtoupper($match[1]).'$/', strtoupper($file), $find);\r
-                        if (count($find))\r
-                        {\r
-                            return true;\r
-                        }\r
-                    }\r
-                    // check to see if the full path matches the regex\r
-                    preg_match('/^' . strtoupper($match[0]).'$/',\r
-                               strtoupper($path . DIRECTORY_SEPARATOR . $file), $find);\r
-                    if (count($find))\r
-                    {\r
-                        return true;\r
-                    }\r
-                } else\r
-                {\r
-                    // ignore parameter was just a pattern with no path delimiters\r
-                    // check it against the path\r
-                    preg_match('/^' . strtoupper($match).'$/', strtoupper($path), $find);\r
-                    if (count($find))\r
-                    {\r
-                        return true;\r
-                    }\r
-                    // check it against the file only\r
-                    preg_match('/^' . strtoupper($match).'$/', strtoupper($file), $find);\r
-                    if (count($find))\r
-                    {\r
-                        return true;\r
-                    }\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        return false;\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * Construct the {@link $ignore} array\r
-     * @author Greg Beaver <cellog@php.net>\r
-     * @param array strings of files/paths/wildcards to ignore\r
-     * @access protected\r
-     */\r
-    function _setupIgnore($ignore)\r
-    {\r
-        $ig = array();\r
-        if ( ! is_array($ignore))\r
-        {\r
-            $this->ignore = false;\r
-            return;\r
-        }\r
-        for($i=0; $i<count($ignore);$i++)\r
-        {\r
-            if (empty($ignore[$i]))\r
-                continue;\r
-\r
-            $ignore[$i] = strtr($ignore[$i], '\\', '/');\r
-            $ignore[$i] = str_replace('//','/',$ignore[$i]);\r
-\r
-            if (!is_numeric(strpos($ignore[$i],PATH_DELIMITER)))\r
-            {\r
-                $ig[] = $this->getRegExpableSearchString($ignore[$i]);\r
-            } else\r
-            {\r
-                if (basename($ignore[$i]) . PATH_DELIMITER == $ignore[$i])\r
-                $ig[] = $this->getRegExpableSearchString($ignore[$i]);\r
-                else\r
-                $ig[] = array($this->getRegExpableSearchString($ignore[$i]),$this->getRegExpableSearchString(basename($ignore[$i])));\r
-            }\r
-        }\r
-        if (count($ig)) $this->ignore = $ig;\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * Converts $s into a string that can be used with preg_match\r
-     * @param string $s string with wildcards ? and *\r
-     * @author Greg Beaver <cellog@php.net>\r
-     * @return string converts * to .*, ? to ., etc.\r
-     */\r
-    function getRegExpableSearchString($s)\r
-    {\r
-        $y = '\/';\r
-        if (DIRECTORY_SEPARATOR == '\\')\r
-        {\r
-            $y = '\\\\';\r
-        }\r
-        $s = str_replace('/', DIRECTORY_SEPARATOR, $s);\r
-        $x = strtr($s, array('?' => '.','*' => '.*','.' => '\\.','\\' => '\\\\','/' => '\\/',\r
-                                '[' => '\\[',']' => '\\]','-' => '\\-'));\r
-        if (strpos($s, DIRECTORY_SEPARATOR) !== false &&\r
-            strrpos($s, DIRECTORY_SEPARATOR) === strlen($s) - 1)\r
-        {\r
-            $x = "(?:.*$y$x?.*|$x.*)";\r
-        }\r
-        return $x;\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * Removes files from the $dir array that do not match the search string in\r
-     * $match\r
-     * @param array $dir array of filenames (full path)\r
-     * @param string $match search string with wildcards\r
-     * @author Greg Beaver <cellog@php.net>\r
-     * @return string|array listing of every file in a directory that matches\r
-     *                      the search string\r
-     */\r
-    function removeNonMatches($dir, $match)\r
-    {\r
-        $match = $this->getRegExpableSearchString($match);\r
-        $nodir = false;\r
-        if (!is_array($dir))\r
-        {\r
-            $dir = array($dir);\r
-            $nodir = true;\r
-        }\r
-        foreach($dir as $i => $file)\r
-        {\r
-            preg_match('/^'.$match.'$/',basename($file),$find);\r
-            if (!count($find)) unset($dir[$i]);\r
-        }\r
-        if ($nodir) return $dir[0];\r
-        return $dir;\r
-    }\r
-    \r
-    /**\r
-     * Take a filename with wildcards and return all files that match the\r
-     * wildcards\r
-     * @param string $file a full path from the -f command-line parameter, with\r
-     * potential * and ? wildcards.\r
-     * @return mixed if $file contains wildcards, returns an array of matching\r
-     *               files, otherwise returns false\r
-     * @author Greg Beaver <cellog@php.net>\r
-     * @uses dirList\r
-     * @uses removeNonMatches\r
-     */\r
-    function getAllFiles($file)\r
-    {\r
-        $path = realpath(dirname($file));\r
-        $file = basename($file);\r
-        // any wildcards?\r
-        if (is_numeric(strpos($file,'?')) || is_numeric(strpos($file,'*')))\r
-        {\r
-            $files = $this->dirList($path);\r
-            $a = $this->removeNonMatches($files,$file);\r
-            return $a;\r
-        }\r
-        return false;\r
-    }\r
-}\r
-\r
-/**#@+\r
- * Sorting functions for the file list\r
- * @param string\r
- * @param string\r
- */\r
-function Ioinc_sortfiles($a, $b)\r
-{\r
-    return strnatcasecmp($a['file'],$b['file']);\r
-}\r
-\r
-function Ioinc_mystrucsort($a, $b)\r
-{\r
-    if (is_numeric($a) && is_string($b)) return 1;\r
-    if (is_numeric($b) && is_string($a)) return -1;\r
-    if (is_numeric($a) && is_numeric($b))\r
-    {\r
-        if ($a > $b) return 1;\r
-        if ($a < $b) return -1;\r
-        if ($a == $b) return 0;\r
-    }\r
-    return strnatcasecmp($a,$b);\r
-}\r
-/**#@-*/\r
-\r
-/**\r
- * Recursively add all the subdirectories of $contents to $dir without erasing anything in\r
- * $dir\r
- * @param array\r
- * @param array\r
- * @return array processed $dir\r
- */\r
-function set_dir($dir,$contents)\r
-{\r
-    while(list($one,$two) = each($contents))\r
-    {\r
-        if (isset($dir[$one]))\r
-        {\r
-            $dir[$one] = set_dir($dir[$one],$contents[$one]);\r
-        } else $dir[$one] = $two;\r
-    }\r
-    return $dir;\r
-}\r
-\r
-/**\r
- * Recursively move contents of $struc into associative array\r
- *\r
- * The contents of $struc have many indexes like 'dir/subdir/subdir2'.\r
- * This function converts them to\r
- * array('dir' => array('subdir' => array('subdir2')))\r
- * @param array struc is array('dir' => array of files in dir,'dir/subdir' => array of files in dir/subdir,...)\r
- * @param array array form of 'dir/subdir/subdir2' array('dir','subdir','subdir2')\r
- * @return array same as struc but with array('dir' => array(file1,file2,'subdir' => array(file1,...)))\r
- */\r
-function setup_dirs($struc,$dir,$contents)\r
-{\r
-    if (!count($dir))\r
-    {\r
-        foreach($contents as $dir => $files)\r
-        {\r
-            if (is_string($dir))\r
-            {\r
-                if (strpos($dir,'/'))\r
-                {\r
-                    $test = true;\r
-                    $a = $contents[$dir];\r
-                    unset($contents[$dir]);\r
-                    $b = explode('/',$dir);\r
-                    $c = array_shift($b);\r
-                    if (isset($contents[$c]))\r
-                    {\r
-                        $contents[$c] = set_dir($contents[$c],setup_dirs(array(),$b,$a));\r
-                    } else $contents[$c] = setup_dirs(array(),$b,$a);\r
-                }\r
-            }\r
-        }\r
-        return $contents;\r
-    }\r
-    $me = array_shift($dir);\r
-    if (!isset($struc[$me])) $struc[$me] = array();\r
-    $struc[$me] = setup_dirs($struc[$me],$dir,$contents);\r
-    return $struc;\r
-}\r
-\r
-if (!function_exists('get_include_path')) {\r
-function get_include_path()\r
-{\r
-    return ini_get('include_path');\r
-}\r
-}\r
-?>\r